আফসান চৌধুরী চার দশকের অধিক সময় ধরে একাত্তরের ইতিহাস নিয়ে কাজ করছেন। তিনি হাসান হাফিজুর রহমানের অধীনে ‘বাংলাদেশের স্বাধীনতাযুদ্ধের দলিলপত্র’ প্রকল্পের একজন গবেষক ছিলেন। স্বাধীনতাযুদ্ধের ইতিহাস নিয়ে নির্মিত চার খণ্ডে বাংলাদেশ একাত্তর (২০০৭) বইগুলোর সম্পাদক ও সহ-রচয়িতা ছিলেন। 
তিনি ১৯৭১ সালের সাক্ষাৎকার সংগ্রহ (২০১৮) এবং গ্রামের জনগোষ্ঠীর একাত্তরের অভিজ্ঞতার ওপর গ্রামের একাত্তর (২০১৯) বই দুইটি সম্পাদনা করেন। ২০২০ সালে তিনি হিন্দু জনগোষ্ঠীর একাত্তর, ১৯৭১ গণনির্যাতন-গণহত্যা কাঠামো, বিবরণ ও পরিসর এবং ১৯৭১ অসহযোগ আন্দোলন ও প্রতিরোধ গ্রন্থ তিনটি সম্পাদনা করেন। 
১৯৭১ নিয়ে আফসান চৌধুরী বিবিসির জন্য ৫টি রেডিও ডকুমেন্টারি এবং ‘তাহাদের যুদ্ধ’ (২০০১) ও ‘গ্রামের মুক্তিযোদ্ধা’ (২০১৯) নামে দুইটি ভিডিও ডকুমেন্টারি নির্মাণ করেছেন। ২০২০ সালে তিনি ‘একাত্তরের নারীযোদ্ধা’সহ তিনটি ডকুমেন্টারি নির্মাণ করছেন। ২০২০ সালে তার লেখা বাংলাদেশ ও শেখ মুজিব (১৯৩৭-১৯৭১) গ্রন্থটি প্রকাশ পায়। সাংবাদিকতা ও গবেষণার পাশাপাশি তিনি ব্র্যাক বিশ্ববিদ্যালয়ে অধ্যাপক হিসেবে কর্মরত রয়েছেন।