জয়দীপ সাহার জন্ম ২০০০ সালের ৮ই জানুয়ারী কুমিল্লার মুরাদনগরে। বড় হয়েছেন নারায়ণগঞ্জ উপজেলায়। তার বাবা হরিবল চন্দ্র সাহা এবং মা ময়না রানী সাহা। তিনি নারায়ণগঞ্জ হাই স্কুল থেকে এসএসসি এবং নটরডেম কলেজ থেকে এইচএসসি পাশ করেছেন।

নবম শ্রেণিতে প্রথমবারের মতো গণিত অলিম্পিয়াডে অংশগ্রহণ করার পরই গণিত নিয়ে তার আগ্রহ বাড়তে থাকে। তারপরে অবসরে-ব্যস্ততায় গণিত আর গণিত অলিম্পিয়াড থেকে পাওয়া বন্ধুরা হয়ে উঠে নিত্যদিনের সঙ্গী। তিনি ২০১৮ সালে বাংলাদেশের হয়ে আইএমওতে অংশগ্রহণ করে ব্রোঞ্জপদক জয় করেন। কম্বিনেটরিকসের পাশাপাশি জ্যামিতি তার পছন্দের বিষয়। ২০১৮ সালে বিশ্বব্যাপী অনুষ্ঠিত ইরানিয়ান জ্যামিতি অলিম্পিয়াডে তিনি পারফেক্ট স্কোর সহ স্বর্ণপদক অর্জন করেন।